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Une nouvelle étude désigne le virome intestinal comme le coupable de la maladie intestinale intestinale.NIH/NAID/IMAGE.FR/BSIP/Universal Images Group via Getty Images
  • Le microbiome humain contient une communauté de micro-organismes qui incluent des virus.C'est ce qu'on appelle le virome humain, une communauté de virus à la fois bénéfiques et pathogènes.
  • Le virome commence à la naissance et peut être un facteur de santé tout aussi important que le microbiome.
  • Une nouvelle étude révèle que les particules de virome provenant de personnes atteintes de MII peuvent provoquer une inflammation lorsqu'elles sont transplantées dans des tissus intestinaux humains.

Bien que nous puissions nous considérer comme des individus, chacun de nous est une communauté ambulante de micro-organismes.Dans notre tractus intestinal, nous hébergeons des milliards de microbes qui nous maintiennent en bonne santé et peuvent nous rendre malades, collectivement connus sous le nom de microbiome.Nous avons également d'innombrables formes de vie microscopiques sur notre peau et ailleurs.

Compte tenu de l'attention portée à la recherche concernant son rôle dans la santé et la maladie, la plupart d'entre nous ont entendu parler du microbiome.Moins connu, et faisant l'objet d'une nouvelle étude, est le virome, un ensemble de virus – certains bénéfiques et d'autres non – que nous hébergeons également.

Une nouvelle étude du Massachusetts General Hospital suggère que des perturbations du virome intestinal pourraient être une cause de maladie inflammatoire de l'intestin (MICI).

La maladie de Crohn et la colite ulcéreuse sont toutes deux considérées comme des formes de MICI.

Dr.Kate L.Jeffrey, l'auteur correspondant de l'étude, a expliqué le virome à Medical News Today :

«Étant donné que le nom« virus »a été inventé à partir du mot latin signifiant liquide visqueux ou poison et que les virus sont considérés comme des agents pathogènes obligatoires, un «virome bénéfique» peut en surprendre beaucoup. Le virome intestinal humain est établi à la naissance et dominé par des virus infectant les bactéries, tandis que les virus eucaryotes émergent progressivement après la naissance, puis les deux populations se façonnent tout au long de la vie.

"[M] tout comme le microbiome, nous, les humains, n'existons jamais sans un virome."
—Dr.Kate L.Jeffrey

Des recherches antérieures ont suggéré une corrélation entre les perturbations du virome et des maladies telles que les MII, mais les auteurs de l'étude ont cherché à faire avancer la compréhension de la science.

"En tant qu'immunologistes, nous voulions aller au-delà des corrélations et tester si le virome, apparenté au microbiome, contribue de manière autonome à la santé humaine, et lorsqu'il est perturbé s'il déclenche une inflammation et provoque une maladie", a déclaré le Dr.Jeffrey.

Ils ont obtenu leur réponse en transplantant des particules pseudo-virales (VLP) enrichies de personnes sans inflammation intestinale et de personnes atteintes de MII.

L'étude est publiée dans Science Immunology.

Macrophages humains et souris

Les chercheurs ont testé l'efficacité de deux types de VLP sur des cellules humaines in vitro :macrophageset les cellules épithéliales intestinales.

"Notre travail a révélé que les virus enrichis à partir de tissus du côlon [sains, sans IBD] suscitaient des réponses immunitaires anti-inflammatoires et protégeaient l'intestin. En revanche, les virus collectifs isolés des résections du côlon après la chirurgie de la colite ulcéreuse ou des patients atteints de la maladie de Crohn ont provoqué une inflammation et des lésions intestinales », a déclaré le Dr.Jeffrey.

Elle a en outre expliqué :

"Les deux scénarios dépendaient de la détection par le système immunitaire inné de l'hôte, démontrant que ces virus ne sont pas ignorés, mais qu'il existe plutôt une interaction constante entre le virome et l'hôte."

Pour confirmer les résultats, des VLP ont été introduits dans les intestins de souris saines.Les souris qui ont reçu le VLP sain se sont avérées protégées contre l'inflammation, tandis que celles qui ont reçu le VLP IBD ont développé une inflammation intestinale.

Dr.Jeffrey a déclaré que l'étude corroborait ainsi qu '«un virome altéré entraîne de manière autonome la maladie».

« Il s'agit d'un article extrêmement intéressant pour la communauté des MII et de l'immunologie intestinale. Le virome de l'IBD semble être pro-inflammatoire indépendamment de son effet sur le microbiome », a déclaré le Dr.Michael Fitzpatrick sur Twitter.Dr.Fitzpatrick est chargé de cours clinique en gastro-entérologie et nutrition à l'Université d'Oxford et n'a pas participé à l'étude.

Trouver les virus responsables

Pour l'avenir, le Dr.Jeffrey a déclaré que les recherches futures devraient se concentrer sur la détermination des coupables et le développement de mesures préventives.

"Le Saint Graal serait de démontrer définitivement que les virus coupables individuels contribuent à la prédisposition des poussées de maladie et/ou d'inflammation et génèrent des vaccins qui protègent", a-t-elle déclaré.

"[Finding the individual coupables] changerait la donne dans le domaine des maladies immunitaires et auto-immunes complexes."
—Dr.Kate L.Jeffrey

Les deux coupables possibles sous surveillance sont lesCaudoviralesordre des bactériophages et des entérovirus de laPicornavirusfamille des virus eucaryotes.Les chercheurs ont trouvé une élévation significative du niveau de ces organismes dans le tissu du côlon des patients atteints de MICI.

Dr.Jeffrey a souligné que les entérovirus étaient déjà liés au diabète.Elle a déclaré que les entérovirus avaient été omis dans les analyses précédentes des matières fécales, ce qui a renforcé l'importance de la recherche dans les tissus.

Dr.Jeffrey a déclaré qu'ils avaient également trouvé une "matière noire abondante" qu'ils ne pouvaient pas encore identifier.Elle a expliqué que cela était en grande partie dû au manque de données sur les virus.

« Les virus infectant les animaux, les plantes, les champignons et les protozoaires (collectivement des virus eucaryotes) comptent environ 100 millions d'espèces tandis que ceux qui infectent les bactéries sont estimés à 10 000 milliards. Actuellement, la base de données des génomes du National Center for Biotechnology Information (NCBI) ne contient qu'environ 10 000 séquences complètes du génome viral (en 2021), une petite fraction de la diversité mondiale globale », a-t-elle déclaré.

Il est probable que la «matière noire» du virome soit constituée de bactériophages et de virus eucaryotes actuellement inconnus, un état des choses que Dr.Jeffrey appelle "à la fois humiliant et motivant".

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